Spiegato: la variante B.1.617 e l'ondata di Covid-19 in India
I dati di sequenziamento del genoma hanno presentato prove del 'doppio mutante' nel 61% dei campioni nel Maharashtra. Ma se questa nuova variante sta guidando l'impennata in corso in India si può dire solo dopo che saranno disponibili più dati.
Durante un incontro con i laboratori distrettuali nel Maharashtra la scorsa settimana, l'Istituto Nazionale di Virologia (NIV) ha condiviso dati limitati che mostrano una rottura di 361 campioni di sequenziamento del genoma raccolti tra gennaio e marzo di quest'anno.
Il titolo trovato da le analisi : la presenza di una doppia mutazione è stata rilevata in 220 — quasi il 61 per cento — dei campioni. Questa doppia variante è stata classificata la scorsa settimana come variante B.1.617.
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Cos'è il B.1.617?
La variante B.1.617 di SARS-CoV-2 porta due mutazioni, E484Q e L452R. Entrambi si trovano separatamente in molte altre varianti di coronavirus, ma sono stati segnalati insieme per la prima volta in India.
Le due mutazioni si trovano nella proteina spike del virus. La proteina spike aiuta il virus a legarsi ai recettori della cellula umana e ad entrare in una cellula ospite.
La mutazione E484Q è simile a E484K, una mutazione trovata nelle varianti del coronavirus del Regno Unito (lignaggio B.1.1.7) e del Sudafrica (B.1.351).
La mutazione L452R è stata trovata in varianti a rapida diffusione in California (B.1.427 e B.1.429). Può aumentare il potere di legame delle proteine spike con i recettori ACE2 sulle cellule umane, rendendolo più trasmissibile. L452R può anche potenzialmente migliorare la replicazione virale.
Insieme, E484Q e L452R sono più infettivi e possono eludere gli anticorpi.
Dove è stato trovato il B.1.617?
Ci sono dati limitati. È stato segnalato per la prima volta dal Maharashtra. A gennaio sono stati sequenziati 19 campioni provenienti da vari distretti e in quattro è stato trovato B.1.617. A febbraio, 234 campioni sono stati sequenziati da 18 distretti e 151 campioni - da almeno 16 distretti - avevano questa variante. E a marzo, ben 65 campioni su 94 lo avevano.
Finora, i distretti di Amravati, Nagpur, Akola, Wardha, Pune, Thane, Aurangabad e Chandrapur hanno presentato una forte evidenza della presenza di B.1.617. Meno campioni sono stati sequenziati in altri distretti e la variante è stata trovata in alcuni. Il sequenziamento è in attesa di ulteriori campioni.
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Questa variante è più virulenta?
Non ci sono prove finora. La maggior parte dei pazienti può fare con l'isolamento domiciliare, sebbene l'esperienza clinica debba essere combinata con i dati di sequenziamento del genoma per generare prove scientifiche. Gli aneddoti clinici dei medici suggeriscono che la variante si diffonde più velocemente, è più contagiosa, può infettare intere famiglie, ma è meno virulenta e non provoca drammaticamente più ricoveri.
La maggior parte dei pazienti è asintomatica e questa è una buona indicazione. Ma in numeri assoluti così tanti casi hanno gravato sulle infrastrutture sanitarie, ha affermato il dottor Shashank Joshi, esperto della Maharashtra Covid Task Force.
Quanto si è diffuso?
Il dottor Sujeet Singh, direttore del Centro nazionale per il controllo delle malattie (NCDC) ha sottolineato che finora sono stati sequenziati pochissimi campioni del Maharashtra ed è troppo presto per trarre conclusioni definitive su quanto sia diffuso il doppio mutante. Tuttavia, il governo centrale aveva riferito a marzo che il 15-20 per cento dei campioni nel Maharashtra presentava questa variante; sulla base degli ultimi dati di sequenziamento sappiamo che questo numero è ora superiore al 60 per cento.
I medici e gli amministratori distrettuali nel Maharashtra riferiscono che, a differenza della prima ondata, intere famiglie vengono infettate nella seconda ondata. Ciò potrebbe indicare che le misure di distanziamento fisico e isolamento sono inadeguate all'interno della famiglia o che il virus è diventato più trasmissibile.
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Potrebbe B.1.617 guidare l'aumento in corso nei casi di Covid-19?
Il dottor Gangandeep Kang, professore di microbiologia al Christian Medical College di Vellore, ha affermato che il 60,9 percento dei campioni portatori di questa variante molto probabilmente ha mostrato un legame tra la mutazione e l'aumento, tuttavia, per una risposta accurata almeno l'1 percento dei campioni di Covid-19 deve essere sequenziato ogni settimana. Con l'India che attualmente testa oltre 1 lakh di casi al giorno, e questo si tradurrebbe in circa 1.000 sequenze genomiche ogni giorno.
Dobbiamo anche considerare quante persone una persona è in grado di infettare e la soglia del ciclo RT-PCR. Dobbiamo eseguire il monitoraggio in tempo reale. I dati di gennaio hanno poco valore in aprile, ha detto il dottor Kang.
Il dottor Gautam Menon, professore alla Ashoka University, Sonepat, e all'Institute of Mathematical Sciences, Chennai, ha dichiarato: 'Ciò che abbiamo è suggestivo, ma abbiamo bisogno di più dati sul sequenziamento del genoma per capire quale variante sta guidando il numero di nuove infezioni in diversi stati... Per suggerire che l'aumento dei casi sia dovuto a questa doppia variante mutante, dovremmo avere più punti temporali. Ad esempio, se potessimo dire che abbiamo rilevato il 30 percento di questa variante nei campioni il 30 marzo e poi il 40 percento nei campioni il 14 aprile, ciò indicherebbe che la nuova variante sta dominando la diffusione della malattia.
Anche il dottor Menon ha sottolineato la necessità di una maggiore trasparenza dei dati. È possibile, anche se sempre più improbabile, che i casi possano essere collegati anche al ceppo precedente, ha affermato. A meno che non sappiamo fino a che punto l'aumento può essere attribuito alla nuova variante, non saremo in grado di determinare in modo definitivo se i rilassamenti nel comportamento appropriato al Covid con il ceppo più vecchio abbiano guidato gli aumenti o se sia responsabile l'aumento dell'infettività della nuova variante.
Il professor Vinod Scaria, scienziato principale, CSIR-IGIB, ha convenuto che non possiamo affermare in modo conclusivo che queste varianti stiano guidando l'impennata nella seconda ondata. Tuttavia, le prove suggeriscono che, almeno in alcuni stati, il lignaggio B.1.1617 è predominante e potrebbe contribuire all'aumento dei casi, ha affermato. Questo lignaggio è definito da 15 varianti genetiche tra cui sei varianti di proteine spike. Due di questi (E484Q e L452R) sono coinvolti nella fuga immunitaria e nell'aumento dell'infettività, ha affermato il prof. Scaria.
La variante può eludere i vaccini?
Ancora una volta, i dati sono limitati. Alcune persone sono state effettivamente infettate dopo la prima dose, ma non ci sono dati sul fatto che i loro campioni siano stati inviati per il sequenziamento del genoma.
Sappiamo che la variante sudafricana è più capace di sfuggire alla risposta immunitaria. Sappiamo che la variante britannica è la più trasmissibile. Ma finora non sappiamo nulla di B.1.617, perché non stiamo mettendo insieme dati per trarre conclusioni, ha detto il dottor Kang.
Il dott. Menon ha sottolineato che, sebbene non ci si aspetti che i vaccini prevengano l'infezione, di certo prevengono malattie gravi e morte. Ci aspettiamo che questo rimanga vero anche con la nuova variante. L'unica soluzione a medio e lungo termine per affrontare il Covid-19 è che le persone si vaccinano.
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