Spiegato: quali sono le varianti di Covid-19 in India e spiegano l'aumento?

È stato scoperto che oltre 320 campioni di coronavirus hanno il lignaggio del Regno Unito nel Punjab. Questo spiega la recente ondata? E quanto sono diffuse le varianti Sud Africa e Brasile, oltre ad altre in India?

In un centro commerciale a Pune (foto Express: Ashish Kale, File)

Sono stati trovati più di 320 campioni di coronavirus dal Punjab il lignaggio del Regno Unito , un riferimento a un nuovo ceppo del virus emerso nel Regno Unito a dicembre, con mutazioni genetiche che gli hanno permesso di diffondersi più rapidamente. Questa è l'occorrenza più diffusa della variante britannica nella popolazione indiana trovata fino ad oggi e potrebbe spiegare la rapida impennata dei casi in Punjab nelle ultime settimane.

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Una dichiarazione del governo mercoledì ha affermato che 736 campioni provenienti da tutto il paese sono stati finora trovati di origine britannica. Oltre a questi, è stato scoperto che 34 campioni avevano il lignaggio sudafricano e uno aveva il lignaggio brasiliano. Le varianti sudafricane e brasiliane sono altri due ceppi dominanti di coronavirus che circolano in tutto il mondo. Le mutazioni genetiche in queste due varianti le rendono più propense a sfuggire al sistema immunitario umano. Il timore, quindi, è che i vaccini attuali possano essere relativamente meno efficaci contro di loro, anche se questo è ancora oggetto di indagine.

Varianti in India

Le varianti britannica, brasiliana e sudafricana non sono le uniche attualmente in circolazione nella popolazione indiana. Come qualsiasi altro organismo, anche il coronavirus è in continua mutazione, con alcuni cambiamenti nella sua struttura genetica che si verificano in ogni ciclo di replicazione. La maggior parte di queste mutazioni sono irrilevanti e non alterano la natura o il comportamento generale del coronavirus. Ma alcuni di loro, forse uno su migliaia, possono introdurre cambiamenti importanti, aiutando il virus ad adattarsi o sopravvivere meglio.

Durante questa epidemia, vengono osservati attentamente tre tipi di cambiamenti: quelli che aumentano la capacità del virus di diffondersi più rapidamente, quelli che causano malattie più gravi nella persona infetta e quelli che aiutano il virus a sfuggire alla risposta immunitaria.

Le varianti del Regno Unito, brasiliane e sudafricane sono tali ceppi. Ognuno di loro ora ha le proprie famiglie, il che significa che ci sono state molte successive mutazioni in queste ma con la mutazione che definisce l'originale che è rimasta intatta. Queste tre famiglie varianti, o lignaggi, sono state trovate in più paesi e sono le principali responsabili dell'aumento dei casi in Europa e Brasile.

Oltre a queste, nella popolazione indiana circolano diverse altre varianti, quelle che hanno di origine locale così come altri che sono stati portati da viaggiatori dall'estero. Ma nessuno di questi è stato classificato come una variante di preoccupazione.

Varianti di Covid-19 rilevate in India

Variante e preoccupazioni per il Regno Unito Covid-19

Gli scienziati hanno sostenuto che nessuna delle tre 'varianti preoccupanti' - Regno Unito, Brasile o Sudafrica - può essere collegata all'attuale aumento dei casi in India. Il loro livello di prevalenza nella comunità, ad oggi, non è così alto da poter attribuire loro l'attuale impennata.

Anche nel Punjab, dove l'80% dei 400 campioni analizzati si è rivelato essere la variante britannica, è troppo presto per dargli la colpa dello straordinario aumento dei casi nelle ultime settimane. I risultati del sequenziamento del genoma sono stati rivelati ora e deve essere fatta una correlazione clinica per valutare se sono responsabili dell'aumento dei casi.

Come hanno sottolineato gli scienziati, se le persone infette dal ceppo del Regno Unito nel Punjab sono tutte viaggiatori o loro contatti diretti, allora le loro occorrenze potrebbero essere facilmente spiegate e non sono troppo preoccupanti. Tuttavia, se è stato riscontrato anche nelle persone della comunità più ampia, c'è il pericolo che si diffonda ad altri molto rapidamente. Significherebbe anche che le procedure di isolamento e quarantena seguite nello stato, in particolare per i viaggiatori, non sono state seguite molto rigorosamente.

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Alcune mutazioni specifiche trovate nel ceppo del Regno Unito, come una chiamata E484Q e un'altra chiamata N440K, sono state osservate anche in alcune altre varianti e circolano nella popolazione indiana da diversi mesi. Al momento, non ci sono prove che suggeriscano che uno di questi potrebbe aver portato alla seconda ondata o causato una reinfezione nei pazienti.

Tuttavia, sono necessarie indagini scientifiche molto più dettagliate per valutare il loro impatto sulla diffusione della malattia in India.

Sequenziamento del genoma...

L'India ha il secondo numero più alto di persone infette dal coronavirus durante l'epidemia. Ma ha fatto pochissime sequenze genomiche delle diverse varianti in circolazione. Finora, ha effettuato l'analisi genetica di 19.092 campioni provenienti da tutto il paese, secondo una dichiarazione rilasciata dal governo in Parlamento la scorsa settimana. Ciò include il sequenziamento di 10.787 campioni da quando il governo ha istituito l'INSACOG (Indian SARS-CoV2 Consortium on Genomics) a dicembre appositamente per questo scopo. Molti altri paesi, inclusi gli Stati Uniti e la Cina, hanno analizzato più di 100.000 sequenze di geni.

Lo studio dei cambiamenti genetici nell'organismo è un indizio importante per comprendere l'origine, la trasmissione e l'impatto del virus sui pazienti. L'obiettivo dichiarato dell'INSACOG è sequenziare i campioni di almeno il 5% di tutti i casi infetti attraverso una rete di dieci laboratori. Sembra un compito molto arduo in questo momento. L'India ha finora registrato oltre 1,17 crore di casi positivi. I 19.092 campioni che sono stati sequenziati fino ad ora costituiscono solo lo 0,16% di quel numero.

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… e perché è stato lento

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Uno dei motivi principali della lentezza del sequenziamento del genoma è stata la mancanza di fondi. Finora, non sono stati stanziati fondi per l'INSACOG, anche se i funzionari hanno affermato che l'approvazione dei fondi è prevista per un giorno qualsiasi. I laboratori hanno utilizzato i soldi dei propri budget annuali per eseguire il lavoro di sequenziamento. Ci vogliono tra Rs 3.000 e Rs 5.000 per estrarre la sequenza genica di un campione. Il costo è principalmente dei reagenti chimici necessari nel processo.

Inoltre, gli stati non hanno inviato in modo proattivo i loro campioni ai laboratori per il sequenziamento. Maharashtra, che finora ha registrato più di 25 lakh di infezioni, ha inviato solo circa 2.800 campioni per il sequenziamento, secondo i dati del governo presentati in Parlamento. Questo è solo circa lo 0,11% di tutti i casi. Il Kerala ha inviato il maggior numero di campioni per il sequenziamento, circa 5.200, ma il Karnataka, che ha un numero comparabile di casi, ha inviato solo 137 campioni. Un tasso così basso di sequenziamento del genoma potrebbe non essere statisticamente significativo per trarre conclusioni sulla natura e sul comportamento in evoluzione del virus o nella progettazione di interventi appropriati per contenere la diffusione dell'epidemia.

Questo articolo è apparso per la prima volta nell'edizione cartacea il 25 marzo 2021 con il titolo 'Cracking the virus strain'.

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