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Spiegazione: cinque passaggi per rilevare il coronavirus (COVID-19)

Il processo è stato spiegato a The Indian Express dal dottor V Ravi, professore senior e capo del dipartimento di neurovirologia, NIMHANS.

Il sangue finto è visto in provette etichettate con il coronavirus (COVID-19) in questa illustrazione presa il 17 marzo 2020. (Reuters)

Il dottor V Ravi, professore senior e capo del dipartimento di neurovirologia, NIMHANS, spiega il processo di rilevamento del coronavirus a questo sito web . Ecco i cinque passaggi:





Raccolta e trasporto

Il centro di analisi preleva tamponi dalle cavità nasali e dalla parte posteriore della gola (faringe) e mette i campioni in un mezzo di trasporto del virus, che contiene sali bilanciati e albumina per impedire la disgregazione del virus. Il campione viene quindi trasportato in celle frigorifere al laboratorio di analisi.



Estrazione di RNA virale

I coronavirus come SARS-CoV (emerso in Cina nel 2002-03), MERS-CoV (comparso in Arabia Saudita nel 2012) o l'attuale SARS-CoV-2 che ha causato la pandemia di COVID-19, hanno grandi , genomi di RNA a filamento singolo. Il laboratorio di analisi estrae l'RNA dai campioni, utilizzando kit disponibili in commercio (come quelli realizzati da aziende come QIAGEN.)



Mettere L'RNA nella miscela PCR

L'RNA estratto viene aggiunto a una miscela di reazione a catena della polimerasi (PCR). Ciò include il 'master mix', che contiene un enzima 'trascrittasi inversa' che converte l'RNA in DNA. Il master mix contiene Taq polimerasi, l'enzima che crea copie del DNA, nucleotidi e altri elementi come il magnesio, di cui è necessario uno ione per amplificare il DNA.



La miscela PCR contiene anche 'reagenti' come 'primer' e 'sonde'. I primer sono particolari filamenti di DNA progettati per legarsi al DNA che deve essere copiato; le sonde vengono utilizzate per rilevare la sequenza specifica nel campione di DNA. L'OMS ha raccomandato primer e sonde specifici per i test per COVID-19.

Infine, il mix PCR è costituito da un gene housekeeping, un normale gene umano (RNasi P) che viene utilizzato per garantire che i campioni siano stati raccolti correttamente e l'RNA estratto.



Amplificazione del DNA virale

Il campione, nella sua miscela PCR, viene inserito in provette o piastre, che vengono quindi inserite in una macchina termociclatrice utilizzata per condurre il processo PCR.



Innanzitutto, l'RNA viene convertito in DNA. Quindi inizia il processo di copia dei geni. Il termociclatore riscalda e raffredda la miscela con il campione, alternando tre temperature - per fondere il DNA per separare i due filamenti, per il primer per legarsi al DNA e per sintetizzare un nuovo filamento - tutto in un ciclo che dura un minuto. Il termociclatore esegue 30-40 cicli di questo tipo per amplificare il DNA per verificare la presenza del virus.

Test contro i controlli



Il DNA amplificato viene testato contro un controllo positivo, che di solito consiste in geni del virus clonati nel plasmide, e un controllo negativo, che è un campione 'noto' che è risultato negativo per il virus in precedenza.

L'RNasi P dovrebbe mostrare amplificazione, il controllo positivo dovrebbe essere positivo, il controllo negativo dovrebbe essere negativo e quindi qualunque risultato si ottiene per il campione, è il risultato corretto, ha affermato il neurovirologo Dr V Ravi. Affinché un test sia valido prima che il risultato venga rilasciato, devono essere soddisfatti alcuni 'criteri di validità'.

Da non perdere da Explained | Come funziona il test COVID-19


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Se il gene housekeeping (RNasi P) è positivo, il controllo positivo è positivo, il controllo negativo è negativo e il campione non mostra alcun risultato positivo della PCR, il campione viene dichiarato negativo per l'RNA del virus SARS-CoV-2. Se il risultato della PCR è positivo, il paziente ha COVID-19.

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