Spiegazione: come funziona il test del coronavirus (COVID-19)

In che modo il test PCR cerca il virus nei campioni di tampone? Quanto tempo ci vuole? Quanti campioni vengono testati giornalmente in India e può testarne di più? Se può, perché non si è ancora ingrandito?

L'India attualmente conduce una PCR in tempo reale in due fasi per testare SARS-COV-2. (Reuters)

Qual è il test diagnostico per il nuovo coronavirus che causa il COVID-19?

Il L'Indian Council of Medical Research (ICMR) ha affermato che i laboratori designati utilizzerà il test convenzionale della reazione a catena della polimerasi in tempo reale (PCR), che viene condotto su un tampone prelevato dalla parte posteriore della gola, un campione liquido dal tratto respiratorio inferiore o un semplice campione di saliva. Tali test sono comunemente usati nella rilevazione del virus dell'influenza A, dell'influenza B e H1N1.

Che cos'è il test PCR?

Usa una tecnica che crea copie di un segmento di DNA. 'Polimerasi' si riferisce agli enzimi che producono le copie del DNA. La 'reazione a catena' è il modo in cui i frammenti di DNA vengono copiati, in modo esponenziale: uno viene copiato in due, i due vengono copiati in quattro e così via. Kary Mullis, il biochimico americano che ha inventato la tecnica PCR, è stato insignito del Premio Nobel per la Chimica nel 1993.

Tuttavia, SARS-COV-2 è un virus fatto di RNA, che deve essere convertito in DNA. Per questo, la tecnica include un processo chiamato trascrizione inversa. Un enzima della 'trascrittasi inversa' converte l'RNA in DNA. Le copie del DNA vengono quindi realizzate e amplificate. Un colorante fluorescente che lega il DNA chiamato sonda mostra la presenza del virus. Il test distingue anche SARS-COV-2 da altri virus.

Quanto dura il processo di PCR?

Le PCR in tempo reale hanno ridotto il tempo necessario per testare i campioni a 4,5 ore rispetto a circa 6 ore prima, ha affermato lo scienziato ICMR Dr R R Gangakhedkar. Tuttavia, il tempo complessivo di consegna, dal momento in cui i campioni vengono raccolti alla consegna del rapporto, è di circa 24 ore e dovrebbe essere inferiore, ha affermato.

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Come si svolge il test in India?

L'India attualmente conduce una PCR in tempo reale in due fasi per testare la SARS-COV-2, ha affermato il professore senior di NIMHANS e capo della neurovirologia, il dottor V Ravi. La prima fase è progettata per rilevare elementi genetici comuni ai coronavirus umani che possono esistere nel campione. La seconda fase è progettata per testare geni specifici presenti solo nel virus SARS-COV-2.

Fino all'inizio di marzo, il Screening iniziale il test per verificare la presenza di qualsiasi tipo di coronavirus è stato eseguito da tutti i laboratori, ma la PCR di conferma è stata eseguita solo dall'Istituto nazionale di virologia di Pune. Quindi, NIV Pune ha trasferito la tecnologia (reagenti richiesti per la conferma) a tutti i laboratori in modo che non fosse necessario che un campione arrivasse fino a Pune. Questo ha ridotto il tempo impiegato per testare i campioni, ha detto il dottor Ravi.

Test del coronavirus: il sangue finto è visto in provette etichettate con il coronavirus (COVID-19) in questa illustrazione presa il 17 marzo 2020. (Illustrazione Reuters: Dado RuvicO

L'India sta testando abbastanza numeri?

L'India ha la capacità di testare 10.000 campioni al giorno e attualmente ne sta testando circa 600-700. In confronto, la Corea del Sud, che ha tempi di consegna simili, starebbe testando fino a 20.000 campioni al giorno, in particolare utilizzando modelli come le sue strutture di test drive-through.

Il governo sostiene che in questa fase non è necessario testare ogni persona. Il paese sta testando la coorte che deve testare per ora, ha affermato il dott. Gangakhedkar. Se si utilizza la trasmissione localizzata, stiamo testando abbastanza. Se ritieni che ci sia una trasmissione basata sulla comunità, allora è un problema diverso. Non ci sono ancora prove in cui non sappiamo come il caso indice abbia acquisito questa infezione, ha detto.

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Non vogliamo fare alcun test indiscriminato perché ora tutti chiedono un test. Quindi, da qualche parte, dovremo razionalizzarlo... ma è anche importante tenere d'occhio in modo da non perdere la trasmissione della comunità, ha detto la scienziata dell'ICMR, la dott.ssa Nivedita Gupta durante una conferenza stampa la scorsa settimana.

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Quale sarà la strategia se avviene la trasmissione comunitaria?

L'ICMR sta conducendo una sorveglianza per qualsiasi prova di trasmissione nella comunità, con ciascuno dei 52 laboratori di analisi dell'India che testano 20 campioni casuali di pazienti con infezione respiratoria acuta grave (SARI). Il 'primo taglio' di questi test dovrebbe uscire mercoledì. L'ICMR ha affermato che, nel caso in cui da questi test di sorveglianza venga portato alla luce un caso di trasmissione comunitaria, le strategie del governo saranno completamente diverse.

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Ci sono ostacoli all'espansione dei test?

Il costo è una potenziale barriera, si sentono alcuni esperti. I funzionari dell'ICMR avevano affermato in una conferenza che il costo di un test primario per COVID-19 è di 1.500 rupie. Se si deve fare un secondo test per confermare i risultati del primo test, il costo totale è di circa Rs 5.000. Uno dei funzionari aveva anche affermato che le sonde utilizzate, importate dalla Germania, sono un fattore limitante.

Mentre il numero dei centri di prova è stato aumentato, sono aumentate anche le importazioni di sonde. La scorsa settimana, l'India voleva importare circa 200.000 sonde, mentre lunedì il dott. Gangakhedkar ha affermato che il governo stava pianificando di importarne circa un milione.

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L'India potrebbe fare le cose diversamente?

Ciò che l'India aveva iniziato a fare è esattamente ciò che è stato raccomandato per un paese in cui la malattia è stata importata, secondo il direttore esecutivo del Translational Health Science and Technology Institute India, il dott. Gagandeep Kang. Tuttavia, il test e il follow-up di coloro che entrano nel paese e il monitoraggio di coloro con cui sono entrati in contatto sono un approccio razionale e appropriato se l'unico rischio era di importare la malattia e il follow-up e i test erano 100 %, lei disse.

Ma quello che può succedere è che con questa infezione puoi spargerti anche prima di sviluppare i sintomi, e in pochissimi potresti non avere mai sintomi, quindi potresti trasmetterlo ad altre persone senza sapere di essere infetto, ha detto. Questo tipo di complessità... rende necessario pensare di avere una strategia di backup per vedere se hai effettivamente perso qualcosa, ha detto. C'è di più che potremmo fare.

La sorveglianza dell'ICMR aiuterà?

La decisione dell'ICMR è un buon passo, ma ci sono regioni che un simile esercizio poi tralascerebbe, ha affermato il dott. Kang. Se stai testando campioni ogni settimana da ogni laboratorio per l'influenza, se trovi anche solo un positivo, questo ti dirà che ti sei perso molto, ha detto.

Secondo il dottor Kang, è possibile utilizzare modelli matematici per capire cosa darebbe al governo una ragionevole possibilità di identificare se esiste già una trasmissione comunitaria. Penso che sarebbe bello avere il tipo di modello che ha Singapore, in cui qualsiasi medico ovunque avesse un sospetto clinico, anche se non corrispondeva alla descrizione, poteva inviare il proprio paziente per un test, ha aggiunto.

– Ingressi dello sceriffo Kaunain M

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